Question

Poliakrilamid jel nedir?

Answer 1

Poliakrilamid jel, akrilamid monomerlerinin bir çapraz bağlama maddesi ile kimyasal olarak çapraz bağlanmasıyla oluşturulan bir polimerdir. Poliakrilamid jel, biyolojik makromoleküllerin, özellikle protein ve nükleik asitlerin, elektroforetik hareketliliklerine göre ayrılmasında kullanılan bir yöntemdir. Elektroforetik hareketlilik, molekülün uzunluğu, konformasyonu ve yüküne bağlıdır.

Poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE), farklı tiplerde olabilir. Bunlardan bazıları şunlardır:

• SDS-PAGE: Sodyum dodesil sülfat (SDS) adı verilen bir anyonik deterjan ile işlenmiş proteinleri ayırmak için kullanılan bir yöntemdir. SDS, proteinlere negatif yük verir ve onların doğal konformasyonlarını bozar. Bu sayede proteinlerin boyutlarına göre ayrılması sağlanır.
• NATIVE-PAGE: Proteinleri doğal konformasyonlarını koruyarak ayırmak için kullanılan bir yöntemdir. Proteinlerin yükleri ve şekilleri, elektroforetik hareketliliklerini etkiler. Bu sayede proteinlerin izoelektrik noktalarına veya moleküler ağırlıklarına göre ayrılması sağlanır.
• ISOELECTRIC FOCUSING (IEF): Proteinleri izoelektrik noktalarına göre ayırmak için kullanılan bir yöntemdir. Izoelektrik nokta, proteinin net yükünün sıfır olduğu pH değeridir. IEF’de, poliakrilamid jel içinde bir pH gradyanı oluşturulur ve proteinler elektrik alan altında hareket eder. Proteinler, net yüklerinin sıfır olduğu pH değerinde dururlar. Bu sayede proteinlerin izoelektrik noktalarına göre ayrılması sağlanır.
• DENATURING GRADIENT GEL ELECTROPHORESIS (DGGE): DNA parçalarını baz dizilimlerine göre ayırmak için kullanılan bir yöntemdir. DGGE’de, poliakrilamid jel içinde bir denatüran madde gradyanı oluşturulur. Denatüran madde, DNA’nın çift sarmal yapısını bozar ve tek sarmal hale getirir. DNA parçaları, elektrik alan altında hareket ederken, denatüran madde konsantrasyonunun artmasıyla daha fazla tek sarmal hale gelir. DNA parçalarının baz dizilimleri, tek sarmal haldeki stabiliteyi etkiler. Bu sayede DNA parçalarının baz dizilimlerine göre ayrılması sağlanır.